解决方案如下，在网站的全局js中或者全局头部加如下代码：

<script>
if(("standalone" in window.navigator) && window.navigator.standalone){
    var noddy, remotes = false;
    document.addEventListener('click', function(event) {
        noddy = event.target;
        while(noddy.nodeName !== "A" && noddy.nodeName !== "HTML") {
            noddy = noddy.parentNode;
        }        
        if('href' in noddy && noddy.href.indexOf('http') !== -1 && (noddy.href.indexOf(document.location.host) !== -1 || remotes))
        {
            event.preventDefault();
            document.location.href = noddy.href;
        }
    },false);
}
</script>